Trung tâm Đào tạo và Chỉ đạo tuyến được thành lập theo Quyết định số 2664/QĐ-BYT của Bộ trưởng Bộ Y tế, trên cơ sở tiền thân là Phòng Chỉ đạo tuyến được tách ra từ phòng Kế hoạch tổng hợp vào 1996 với 02 cán bộ.

Trải qua gần 25 năm xây dựng, hình thành và phát triển; đến nay, Trung tâm đã từng bước được kiện toàn về mặt tổ chức, nhân lực được bổ sung và công tác đào tạo, chuyển giao kỹ thuật, chỉ đạo tuyến ngày một chất lượng, hiệu quả. Được Đảng, Nhà nước, Bộ Y tế, Đảng ủy – Ban Giám đốc Bệnh viện đánh giá cao và 02 lần được nhận “Huân chương lao động hạng Ba” vào năm 2011, năm 2016.